Nato a Caltanissetta nel 1949 è il procuratore della Repubblica di Roma dal 19 marzo 2012. Entrato in Magistratura nel 1974, Pretore a Caltanissetta, nel 1977 e poi trasferito alla Procura della Repubblica di Palermo come sostituto procuratore, dove opera per oltre 30 anni. È' stato uno dei collaboratori più vicini al procuratore Pietro Giammanco, insieme a Guido Lo Forte.Nel 1996, durante la guida della procura di Giancarlo Caselli, si trasferisce alla procura presso la pretura di Palermo, prima come aggiunto e poi come reggente.Ha collaborato poi a lungo con Piero Grasso, divenuto nel 1999 Procuratore della Repubblica di Palermo (e successivamente Procuratore nazionale antimafia), nella conduzione della procura e della Direzione Distrettuale Antimafia di Palermo. Con lui viene nominato nel 2000 Procuratore aggiunto.A Palermo ha portato a termine numerose indagini contro Cosa Nostra facendo condannare vari capi e gregari della criminalità organizzata siciliana; in particolare, negli anni '80 ha incriminato, sempre insieme a Guido Lo Forte, Vito Ciancimino ex sindaco di Palermo poi condannato per Mafia. Nel 2003 ha messo sotto indagine Totò Cuffaro, allora Presidente della Regione Siciliana, poi condannato definitivamente a 7 anni per favoreggiamento aggravato a Cosa Nostra. Ha anche coordinato le indagini che hanno portato all'arresto del superlatitante Bernardo Provenzano. Nel 2008 è stato nominato dal Consiglio Superiore della Magistratura Procuratore della Repubblica di Reggio Calabria. Anche in Calabria continua la sua attività contro la criminalità organizzata assestando numerosi colpi alla 'ndrangheta essendo anche a capo della Direzione distrettuale antimafia di Reggio Calabria, dove ha portato a termine numerose operazioni; tra le più importanti, l'inchiesta il crimine coordinata da due procure (Reggio Calabria e Milano) che ha consentito di svelare il carattere unitario della 'ndrangheta con organismi di vertice (simili alla cupola di Cosa nostra) come la Provincia o il crimine e ha confermato ancora di più la forte presenza della criminalità organizzata calabrese al Nord Italia. Dal dicembre 2014 Pignatone ha coordinato un'indagine - sugli intrecci tra criminalità mafiosa e politica nel Comune di Roma - denominata "Mafia capitale" che ha condotto a 37 arresti tra membri della criminalità capitolina, esponenti del centrodestra della giunta Alemanno, esponenti del PD, nonché del consiglio comunale di centro sinistra. Più di 100 gli indagati. La sentenza di primo grado del 20 luglio 2017 ha disposto svariate condanne, senza riconoscere per gli imputati l'accusa di associazione mafiosa. È autore del libro Il contagio, (con Michele Prestipino), Laterza, 2012.
